MeSH on Demand - Aggiornamento

La NLM annuncia che a breve saranno disponibili gli aggiornamenti di questo strumento per la ricerca dei termini del tesauro di PubMed utili per la composizione delle strategie di ricerca. Tutti i dettagli nell'articolo dello NLM Technical Bulletin n. 416, May-June 20, 2017

PubMed e le Basi Dati NCBI

Potete trovare la descrizione e le carateristiche delle basi dati NCBI accessibili da PubMed nel seguente ebook:
The NCBI Handbook [Internet]. 2nd edition. Bethesda (MD): National Center for Biotechnology Information (US); 2013-.

PubMed Tools per Ricercatori e Dottorandi - JANE Journal/Author Name Estimator e Altri Strumenti

Hai scritto un articolo scientifico ma non sai a quale rivista inviarlo? Vuoi trovare articoli da citare nella tua bibliografia? Sei un editore e vuoi trovar un revisore per un particolare articolo? Puoi usare JANE che ti permetterà di comparare il tuo articolo con milioni di articoli contenuti in Medline e trovare una risposta a questi quesiti.
Non dimenticare altri strumenti utili come ad es. PubReMiner con analoghe caratteristiche. MeSH on Demand è invece utile per cercare i termini MeSH più adatti a descrivere il contenuto del proprio articolo, nonché per recuperare gli articoli correlati (inserire una parte di testo nella finestra di ricerca)

PubMed PubReMiner - Nuovo Strumento per la Ricerca in PubMed

PubReMiner permette di digitare i termini che vanno a comporre una stringa di ricerca in PubMed e di ottenere i risultati strutturati e visualizzati in forma di tabelle di frequenza (Year, Journal, Author, Word, MeSH, Substances, publication type, Country), i cui termini (che si presentano come delle "keyword" cliccabili) possono essere aggiunti o esclusi dalla stinga di ricerca per ottimizzare i risultati. Inoltre PubReMiner può essere utile anche per altri scopi: verificare quali sono le riviste più usate in un determinato ambito di ricerca ed eventualmente in quali pubblicare, quali sono gli esperti di un determinato settore disciplinari e l'ambito di ricerca di uno specifico ricercatore (analizzando le keywords associate ai suoi lavori)

PubMed Alternative Interfaces - Una Panoramica di HLWIKI International

Segnalo la pagina di HLWIKI Canada: PubMed Alternative Interfaces  dove trovate tutti gli strumenti alternativi per la ricerca in PubMed (aggiornamento: Maggio 2016). Tra le novità (almeno per me) il motore semantico Quetzal gratuito nella sua versione base, previa registrazione. Viene citato anche un articolo-review (ad accesso gratuito) che fa il punto sulle sue caratteristiche.

Strumenti 2.0 per Ricercatori

Bibliosan 2.0 è sempre aggiornato e ricco di informazioni utili ai ricercatori, vi segnalo un post che analizza strumenti per la scrittura a più mani e segnala un articolo che li compara.
Inoltre suggerisce un articolo pubblicato su Nature che analizza vari strumenti creati per i ricercatori, che permettono loro di raccoglie e organizzare le molteplici informazioni, provenienti da fonti diverse.

Ricerche in PubMed e Diagrammi di Venn

Dalla lista dei bibliotecari medici americani, l'indicazione di uno strumento PubVenn per visualizzare con i diagrammi di Venn le ricerche di PubMed (se i termini sono più di tre si possono verificare delle inesattezze). Da provare ...

askMEDLINE

Un altro strumento per la ricerca in PubMed che consente l'interrogazione con linguaggio naturale (inglese)

BabelMeSH - Il Tesauro Multilingue di PubMed

Avete dubbi sulla traduzione di un termine medico e volete fare una ricerca bibliografica con l'aiuto del MeSH? Dopo avere scelto tra i link disponibili quello della vostra linguamadre, inserite il termine nel campo di ricerca (il sistema vi presenta delle varianti del termine nella vostra lingua tra le quali scegliere) e lanciate la ricerca. Otterrete una pagina contenente il termine tradotto in inglese e i record del database ClinicalTrialgov di PubMed.
Lookup a MeSH Term (http://babelmesh.nlm.nih.gov/lookup.php?com=) vi permette invece di controllare subito la traduzione in inglese di un termine medico (quello presente nel MeSH)

PubMed and Beyond - Articolo da Leggere

Segnalato dai colleghi americani, questo interessante articolo è stato pubblicato il mese scorso nella rivista online "open access"

Database (Oxford) 2011, baq036

L'articolo è una rassegna di 28 strumenti per la ricerca basati sui dati di MEDLINE. L'autore è un ricercatore del National Center for Biotechnology Information, che è una divisione della National Library of Medicine.
Per seguire gli sviluppi futuri, collegarsi al blog:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/CBBresearch/Lu/search/

LigerCat e Altri Tools per Cercare in PubMed

Segnalato dal blog di David L. Rothman, LigerCat è un nuovo strumento per la ricerca in PubMed
http://ligercat.ubio.org/
Scrivendo un termine nella stringa di ricerca, si ottiene una "nuvola" di termini MeSH dalla quale si possono scegliere uno o piu' termini e lanciare al ricerca in PubMed

Altri strumenti di ricerca per PubMed sono:
GoPubMed è un motore semantico per le scienze della vita, che utilizza una classificazione degli argomenti
http://www.gopubmed.com/web/gopubmed
GoPubMed è un prodotto dalla Transinsight GmbH di Dresda, assieme a motori go3R (per le ricerche che evitano la sperimentazione animale, vedi notizia in questo blog) e a GoGene (per la bibliografia sui geni, cerca in PubMed e EntrezGene)
e
novo/seek è un nuovo motore biomedico per PubMed, articoli open access e progetti di ricerca governativi. Questo motore recupera informazioni ad es. su una malattia e sugli aspetti correlati (farmaci per la terapia, geni che la causano, sintomi indotti dalla patologia ecc.)
http://www.novoseek.com/

Vivisimo/ClusterMed - Tools per PubMed

Ancora uno strumento per PubMed che permette di organizzare i dati in categorie e ne agevola la visualizzazione: http://demos.vivisimo.com/clustermed
Interessante la presentazione di questi strumenti (e di altre risorse) nel Wiki della BIUM di Lausanne:
http://www.bium.ch/wiki/doku.php?id...

Ali Baba - Ancora PubMed Tools

Ali Baba - PubMed as a graph è uno strumento che consente la visualizzazione dei dati di PubMed secondo modelli grafici
http://alibaba.informatik.hu-berlin.de/

Fable e altri PubMed Tools

Fable è l' acronimo di “Fast Automated Biomedical Literature Extraction”. Fable analizza la letteratura biomedica (PubMed) per trarre informazioni riguardanti geni umani e proteine. Inoltre, Fable consente di recuperare articoli riguardanti un determinato gene (Article Finder), o di generare una lista di geni associati con una o piu' parole chiave (Gene Lister)
http://fable.chop.edu/
PubNet (http://pubnet.gersteinlab.org/) dopo avere inserito due record di PubMed consente di visualizzare alcune relazioni tra le informazioni quali il grado di collaborazione tra i due autori o la relazione tra i termini MeSH utilizzati.
Kfinder (http://www.ogic.ca/projects/kfinder/) utilizza per la ricerca stringhe di informazioni.

PubReMiner e MeshPubMed - Ancora Tools per PubMed ...

Ancora uno strumento utile per la ricerca in PubMed! La segnalazione mi viene fatta dal collega Giorgio Bertin della Pinali che lo definisce: "Motore su piattaforma AJAX che permette di fare una query a PubMed ed avere i dati organizzati in tabella. Si può sapere quali giornali hanno pubblicato articoli su un determinato argomento e quali esperti (autori) se ne occupano. E' possibile poi lanciare la ricerca sulla banca dati".
http://bioinfo.amc.uva.nl/human-genetics/pubreminer/
Altro strumento: MeshPubMed che sfrutta le possibilita' del tesauro di Medline
http://gopubmed.biotec.tu-dresden.de/MeshPubMed/

Nuovi Tools per PubMed

La novita' di questi ultimi tempi e' la nascita di nuovi strumenti per la ricerca in MEDLINE.
Li trovate elencati nella tabella:
http://www.biomedcentral.com/1472-6947/7/1/table/T1
Oltre a eTBLAST e Relemed già segnalati, trovate anche HubMed (http://www.hubmed.org/)

Relemed - New Search Engine for Finding Articles in PubMed

Relemed è un nuovo motore per la ricerca in Pubmed: http://www.relemed.com/
Per avere notizie più dettagliate, vedere l' articolo:
http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1472-6947-7-1.pdf

PubFocus - Una Alternativa a JCR (Journal Citation Report)?

PubFocus (http://pubfocus.com) e' un sito gratuito che permette di vedere Impact Factor e indice di citazione per i record pubblicati in PubMed.
Per saperne di più un articolo della rivista BMC Bioinformatics di ottobre 2006:
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/7/424/abstract

eTBLAST - Un Nuovo Motore per la Ricerca Bibliografica in Biomedicina

La University of Texas Southwestern Medical Center mette a disposizione questo servizio dalle caratteristiche uniche per la ricerca della letteratura biomedica:
http://invention.swmed.edu/etblast/index.shtml